1、starbase

一个高通量实验数据clip-seq（或称为hits-clip,par-clip,iclip）和mrna降解组测序数据支持的microrna靶标数据库,包含了mirna-mrna，mirna-lncrna，mirna-circrna，mirna-cerna 和rna-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。最新版本发布时间：2013年11月。

网址：http://starbase.sysu.edu.cn/

2、mirbase

众所周知的microrna基因注释数据库。目前mirbase只提供了microrna的靶标的预测软件的链接（如：pictar）。最新版本发布时间：2010年9月。

网址：http://mirbase.org/index.shtml

3、chipbase

整合clip-seq和chip-seq的数据探讨microrna的转录和转录后调控，构建转录因子->microrna->靶标的调控网络。最新版本发布时间：2012年11月。

网址：http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/

4、tarbase

一个收集已被实验验证的microrna靶标数据库。最新版本发布时间：2009年1月。

网址：http://microrna.gr/tarbase/

5、mirecords

一个整合的microrna靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时间：2010年11月。

网址：http://mirecords.biolead.org/

6、targetscan

基于靶mrna序列的进化保守等特征搜寻动物的microrna靶基因。是预测microrna靶标假阳性率较低的软件。而且是microrna领域大牛bartel实验室开发的。最新版本发布时间：2009年4月。

网址：http://www.targetscan.org/

7、pictar

基于microrna或microrna靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microrna靶基因。假阳性率也较低。是microrna领域大牛rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间：2007年3月。

网址：http://pictar.mdc-berlin.de/

8、pita

基于靶位点的可接性和自由能预测microrna的靶标。是著名的生物信息学家segal实验室开发的。最新版本发布时间：2008年8月。

网址：http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html/

9、rna22

基于序列特征预测microrna的结合位点。是几个流行的microrna靶标预测软件的其中一个。ibm公司的研究团队开发的。最新版本发布时间：2007年。

网址：http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html/

10、miranda和microrna.org

是著名的memorialsloan-kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miranda的最新版本又叫mirsvr。最新版本发布时间：2010年8月。

网址：http://www.microrna.org/microrna/home.do/

11、microcosm

embl-ebi的enright 实验室开发的microrna靶标数据库。最新版本发布时间：2010年8月。

网址：http://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/

12、mirtarbase

整合实验证实的microrna靶标的数据库。最新版本发布时间：2010年10月。

网址：http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html/

13、mirgator v2.0

整合microrna表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间：2010年11月。

网址：http://mirgator.kobic.re.kr:8080/mexwebapp/

14、mirnamap

动物的microrna基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间：2008年1月。

网址：http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/

15、mirdb

动物microrna靶标预测和功能注释数据库。最新版本发布时间：2010年8月。

网址：http://mirdb.org/mirdb/

16、rnahybrid

一个基于mirna-target配对自由能预测microrna的靶标。最新版本发布时间：2011年6月。

网址：http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/

17、mirgen

microrna基因和microrna靶标数据库。最新版本发布时间：2007年1月。

网址：http://www.diana.pcbi.upenn.edu/mirgen.html/