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10x genomics单细胞免疫组库v(d)j测序

简介

免疫组库(immune repertoire, ir)是指个体在特定时间点其循环系统中所有功能多样性b细胞和t细胞总和,其在自身免疫疾病、感染性疾病、肿瘤、器官移植、免疫治疗、细胞治疗等领域的研究中扮演着非常重要的角色。

常规免疫组库vdj测序被广泛的应用于tcr和bcr的多样性研究,但是其无法在单个细胞的水平上完成单细胞α链和β链,或重链/轻链配对信息的精确分析。而10x genomics chromium系统利用微流控技术分选单个细胞后将细胞分配到油包水微反应体系中,并通过每个微反应体系中含有的特定dna标记序列(10x barcode和umi )来区分不同单细胞和转录本。在对细胞内转录本进行逆转录后,可将cdna分为3份,其中两份可分别用于构建tcr或bcr免疫组文库,另一份可用于构建5’转录组文库,从而实现在单细胞水平同时对基因转录本和免疫组库进行高通量测序。


10x单细胞免疫组库v(d)j测序-简介

技术流程

10x单细胞免疫组库v(d)j测序-技术流程-阅微基因

服务内容

10x单细胞免疫组库v(d)j测序-服务内容-阅微基因


服务项目
服务内容
单细胞bcr测序
对bcr全长v(d)j基因序列进行组装和注释,获得单个b细胞的重链和轻链免疫球蛋白(ig)配对序列,达到同种型分辨率。
单细胞tcr测序
对tcr全长v(d)j基因序列进行组装和注释,获得单个t细胞tcr的α链和β链的配对序列信息。
单细胞5’端转录组测序
可在测定tcr和bcr的同时进行5’端转录组测序,该结果可用于后续细胞定义和基因表达分析。

应用领域

10x单细胞免疫组库v(d)j测序-应用领域-阅微基因

服务优势

丰富项目经验:共计80余例的项目经验。多篇cns在发。
单细胞水平多维度信息获取:10x单细胞测序可在单个细胞的分辨率上同时检测tcr、bcr和转录表达的情况。在后续分析中可以同时实现细胞类型定义和免疫组库分析。
准确分析单细胞内链配对信息:可获得单个b细胞中重链和轻链免疫球蛋白(ig)配对序列或单个t细胞中tcr的α链和β链的配对序列信息。
高水平的方案设计与服务能力:贯穿售前售中售后的高水平方案设计能力。
完善的分析内容:完善的分析内容,完全满足您的需求。可根据客户个性化需求定制分析内容。

您可以得到的分析内容

10x单细胞免疫组库v(d)j测序-分析内容


10x单细胞免疫组库v(d)j测序-部分单细胞免疫组库测序生信分析内容

客户常见问题

q1:单细胞建库方法5’端和3’端捕获有什么区别?为什么vdj通常用5‘捕获?
10x单细胞转录组建库有5‘端和3’端建库两种方式。在3’端的建库中,gel beads的末端序列是poly(dt),用于和转录组3’端的polya结构互补配对。而在5’端的建库中,gel beads的末端序列是tso序列,其末端有polyg的结构。转录本会在酶的作用下在其5‘端加上polyc的结构,由此完成配对。


10x单细胞免疫组库v(d)j测序-常见问题-单细胞建库方法5’端和3’端捕获有什么区别


vdj建库的捕获固定采用5’端捕获方法,目的是为了在保证序列长度较短的情况之下富集到位于5’端的多变vdj区域,而不是位于3’端的较为保守的c区域,这段区域通常不是重点的研究方向。



q2:在什么情况下,需要增加v(d)j测序的数据量?

在大多数情况下,使用10x官方推荐的测序数据量(3m/细胞)是足够的。但是,有些样本类型在推荐的测序深度下不能达到理想测序饱和度,以下情况可能需要增加测序深度:

(1)血浆b细胞的ig基因表达量比其他b细胞的ig基因表达量高两个数量级,在样本中含有血浆b细胞时,则需要增加数据量。

(2)如果样本中的免疫细胞多样性较高,研究者想对低基因表达量的细胞进行分析,则需要增加数据量。

q3.单细胞免疫组库vdj测序与常规免疫组库vdj测序的差别是什么?

单细胞免疫组库测序能够将每个细胞用油包水的方法隔离开,单独进行扩增。因此得到的tcr中α链/β链、bcr中的重链/轻链的配对都是单个细胞内真实的配对情况。而免疫组库测序是对混合细胞进行测序,因此无法进行精准真实的配对。

因此,对于需要进行链的配对,同时要知晓该细胞内基因表达情况的客户需要使用单细胞免疫组库vdj测序。但是如果只对单链进行测序,或者只想对克隆型所占比例情况进行分析,则使用常规免疫组库测序就已经足够了。

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